相对于人工巡护，运用无人机进行保护区的巡护有如下优点：
（1）以往人工巡护需要投入大量工作人员，长期作业，运用无人机只需1至2人在短时间内，不用大范围的行走就可完成一定面积范围的巡护工作。
相同区域人工巡护与无人机巡护人员
（2）巡护效率高，在很短的时间内就可完成一定区域的巡视任务，而且可以观看和录制保护区内的实时影像，有针对的对巡护区动植物进行巡护、数据采集。
相无人机巡护和数据采集
（3）当巡护区海拔高差大、地形复杂时，这种情况人工巡护耗时耗力，效率低，运用无人机能无视地形因素，快速、轻易、准确的去到一些人工巡护无法或很难到达的区域，如沼泽的中心地带、冰雪覆盖区域、对面山头等地。
从A点到B点无人机路线与人工路线对比
（4）无人机达到一定的飞行高度后，对巡护区动物的监测具有隐蔽性，人站在较远处就能拍摄高清图片或视频，同时也不会惊吓到保护动物，任何时间任何地点，只要通过航拍图片就能准确数出观察的受保护动物的数量。
人工望远镜观测与无人机观测点效果对比（5）人工操作无人机系统可以直接采集高清照片或者视频数据，并且以地图、数据库的形式跟实际位置拍摄位置捆绑，通过选择无人机的航拍飞行轨迹，就能查看到该飞行轨迹上的同步影像，并能进行视频回放快进、选择时间点播放影像、查询当前位置的方位、经纬度坐标、当前飞行高度等的操作。实现远程实时巡护，及时发现问题，快速作出工作部署，确实保障巡护区动物与自然环境的安全。
选择无人机航线播放同步视频
利用无人机技术获取保护区高精度正射影像，定期对巡护区进行无人机影像更新。采集精度达0.02米的影像数据，实现厘米级精度管理。为保障影像信息的现势性，建议无人机每一年采集一次，并进行数据的处理，实现高清影像地图及时更新，能够准确的进行巡护区所有自然、人文信息的可视化管理，及时全面掌握保护区状况。
利用无人机快速到达指定地点实现移动监测巡护，通过操控平台实现远程多点路径规划任务下达，实现无需遥控，智能巡航，解决基层不会飞，不敢飞的实际困难，并实时回传高清影像数据，自动生成监测区域的面积，不仅效率高，而且能够轻易抵达人工难以到达的区域。可对无人机规范作业进行考核，实现监测无死角。且无人机在环境应急突发事件中，可客服交通不利，情况危险等不利因素可快速赶感到事故所在空域，立体的查看事故现场和周围的敏感点的分布情况。